Dopo la beatitudine del Papa più amato, proclamata lo scorso 3 settembre da Giovanni Paolo II, le spoglie mortali di Angelo Roncalli sono tornate in San Pietro dopo 38 anni dalla sua scomparsa.
Proprio a Giovanni Paolo II si deve il trasferimento del corpo di Giovanni XXIII dalle grotte vaticane su un altare all'interno della Basilica.
Il corpo del "Papa Buono" (così è soprannominato dai fedeli) sono richiuse in un'urna di cristallo posta sull'altare di San Girolamo, dove i fedeli potranno ammirare il volto intatto di Papa Giovanni XXIII.

In trentamila hanno assistito in un irreale silenzio domenica 3 Giugno; tra i presenti vi era anche Suor Caterina Capitani, la religiosa che fu miracolosamente guarita da Papa Giovanni.
Proprio tale prodigio garantì a Papa Giovanni il titolo di "beato".

Karol Wojtyla ama ricordare una frase di Papa Giovanni che disse: "Le reliquie dei Papi e dei santi sono ben poca cosa, ma ciò che rimane è il ricordo e la preghiera".